筆界特定制度を申請する際には、申請手数料がかかります。申請手数料は、対象となる土地の価額によって決まります。また、申請手数料のほか、現地における筆界の調査で測量を要する場合には、測量費用を負担する必要があります。一般的な宅地の測量を行う場合における、測量費用は数十万円程度となりますが、申請手数料と合計しても、裁判に比べて、費用負担は少なくて 済みます。

筆界特定制度の手続は、訴訟手続に比べて早期に判断が示されます。裁判では、判断が示されるまでに約2年かかるといわれていますが、筆界特定制度の場合は、その多くが半年から1年で判断が示されます（ただし、複雑な問題の場合には、判断までに長期間を要するものもあります）。

筆界特定は、公的機関が専門家の意見を踏まえて行った判断であることから、その内容について高い証拠価値があるといえ、裁判手続でもその結果が尊重される傾向にあります。 このほか、筆界特定制度は、境界紛争の相手方が話し合いに応じてくれない場合でも、一方の土地の所有者だけで申請することができます。また、隣人と裁判をしなくても、土地の筆界を明らかにすることができ、土地の筆界に関する問題の解決やトラブル防止を図ることができます。 ただし、所有権の範囲についての争いについては、直接の解決を図ることはできません。また、筆界特定の結果は、行政によって一つの基準が示されると いうことにとどまり、拘束力はありません。特定した筆界に不満がある場合や、拘束力のある判決が必要な場合には、裁判（筆界確定訴訟）で解決を図ることができます。